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L’ADN "poubelle" enfin recyclé

  • Posté le : Lundi 17 Septembre 2012
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  • par : L. Salters

Une trentaine de laboratoires internationaux ont diffusé les résultats d’une étude qui vise à cartographier l’ensemble du génome. Bousculant les idées reçues. La France est absente de cette aventure.

adn recycleFilaments d’ADN humain. Ou comment dénouer l’écheveau.
© Philippe Plailly / Lookatsciences.

Depuis le milieu des années 2000, on l’a appelée la “matière noire de l’ADN”. Ou encore l’ADN “poubelle”. Les scientifiques ne savaient pas vraiment quoi faire avec l’essentiel de notre génome, hormis les 20 000 gènes codant pour des protéines qui représentent 2% de l’ensemble... Mais que font les 98% restant ? A quoi sert ce “surplus génétique” ? Représenteraient-il des scories de l’Evolution ?
Le projet Encode (abréviation de Encyclopedia of DNA Elements) rebat les cartes de la recherche en génétique. Le 5 septembre, un consortium international publiait 32 articles dans trois revues scientifiques de premier plan. Leurs conclusions : près de 80% de notre ADN aurait un rôle biochimique de régulation. En substance, les auteurs ont aussi cartographié les innombrables fonctions du génome.
L’ADN “poubelle” n’est plus qu’un doute du passé. Près de 71% des mutations à l’origine de 400 maladies liées à des prédispositions génétiques se trouvent sur cette part de l’ADN autrefois si mystérieuse. Dans, ou proche, des régions régulatrices. Suivant cette même logique, les résultats d’Encode entérinent très fortement l’idée qu’une maladie peut se déclencher bien après la dérégulation précoce d’un gène.
Les résultats obtenus par les équipes d’Encode nous réconcilient avec les grands principes de Darwin, analyse Pierre Tambourin, directeur du Génopole d’Evry (Essonne). A l’époque, une partie de la communauté scientifique avait le sentiment que notre ADN avait accumulé des gènes pour rien. Comme un disque dur qui se remplit couche après couche. Mais dans la théorie de l’évolution, ce qui ne sert pas est éliminé”.

Rupture

Encode fait donc rentrer la recherche en génétique dans le droit chemin. Même si les conclusions de l’étude étaient attendues, “ces résultats représentent tout de même une forme de rupture dans les concepts, constate Pierre Tambourin. On commence à voir le bout du tunnel en termes de lecture. Les éléments du puzzle se rassemblent peu à peu. Maintenant, il va falloir comprendre comment tout cela marche. Et là, c’est une autre histoire. Modéliser le fonctionnement de l’ensemble de tous ces éléments représente un travail qui va prendre des décennies et qui va mobiliser un très grand nombre de chercheurs”.

A ce titre, Encode ouvre une nouvelle voie. L’ampleur du projet donne le tournis mais préfigure sans-doute certains aspects de la recherche dans les décennies à venir : la collaboration internationale et l’interdisciplinarité. Près de 450 chercheurs ont signé l’article principal chapeautant l’ensemble de l’étude, venant de 32 institutions de recherche à travers le monde (principalement les Etats-Unis et l’Angleterre). L’ensemble du travail a nécessité une coordination de tous les instants. Près de 700 conférences téléphoniques réunissant à chaque fois un minimum de 15 personnes ont été nécessaires. Il a fallu mettre en place une informatique de pointe pour gérer les 15 milliards de bytes de données... “La biologie, à l’image d’autres disciplines, est en train de se transformer, concède Pierre Tambourin. Le chercheur façon Pasteur tout seul dans son coin avec un microscope, c’est de moins en moins possible ! La recherche s’organise de manière massive. Aujourd’hui, la biologie a besoin des mathématiciens, des informaticiens, des physiciens etc”.  
Un autre aspect du projet Encode qui tranche dans le paysage de la publication scientifique, c’est la volonté des auteurs de l’étude de la rendre accessible à tous. Les 32 textes ont été publiés simultanément dans trois revues de références : Nature, Génome Biology et Genome Research. Mais ils sont disponibles gratuitement. Les auteurs souhaitent ainsi pouvoir faire bénéficier de leurs travaux les nombreux laboratoires qui oeuvrent notamment sur les maladies génétiques.
Encode sans les français

Alors que des structures françaises avaient été pleinement associées au décodage du génome jusqu’en 2003, date de la publication du décryptage, aucune n’est présente dans le projet Encode. Le consortium implique majoritairement les Etats-Unis, puis viennent la Grande Bretagne, l’Espagne, la Suisse, la Chine et le Japon. “C’est une question d’orientation car le génoscope est impliqué dans d’autres projets très lourds mais de nature différente”, détaille Pierre Tambourin. Comme l’étude Tara-Océan qui vise à étudier de très près le plancton des mers. Un projet qui pose les bases d’une méthode de surveillance de la biodiversité sur notre planète. Pour certains, alors que le séquençage massif est de moins en moins coûteux, les choix stratégiques du Centre national de Génomique se sont pourtant moins portés ces dernières années sur des méthodes de recherche impliquant les nouvelles technologies utilisées par Encode.