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Notre flore intestinale a son réseau social

  • Posté le : Lundi 19 Septembre 2011
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  • par : L. Salters

Faire participer activement plusieurs milliers de volontaires à une étude sur les micro-organismes de notre système digestif, voilà le projet fou que pilote le Laboratoire européen de biologie moléculaire (Heidelberg).

My MicrobesL’objectif du projet “My Microbes” : faire parler les tripes des internautes...
© Friedrich Saurer / LookatSciences

L’expérience scientifique rentre peut-être dans une ère nouvelle : celle des réseaux sociaux. Le laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL), basé à Heidelberg en Allemagne, a jeté ces derniers jours les bases d’une expérimentation originale : faire participer des milliers et des milliers d’internautes à un réseau social sur la base de la carte génétique de leur microbiote intestinal, anciennement nommée flore intestinale. Son nom : My Microbes (en français, mes microbes). Les chercheurs, en prélevant les selles des participants à ce réseau social d’un genre nouveau, espèrent ainsi récolter un maximum de données sur le microbiote que nous avons en chacun de nous. “Le microbiote définit l’ensemble des micro-organismes hébergés par l’homme, explique Julien Tap, chercheur en microbiologie au laboratoire de Heidelberg et partie prenante dans l’expérience. Avec ce projet, nous nous intéressons au microbiote intestinal”.

Au printemps dernier déjà, le laboratoire d’Heidelberg avait contribué à la publication d’une étude qui classait les individus et leur microbiote intestinale en trois genres selon leurs “entérotypes”, c’est-à-dire la carte génétique de leur flore intestinale. Un peu à la manière des groupes sanguins.
Le microbiote de nos intestins a un rôle fondamental. C’est lui qui nous permet de digérer la nourriture et de restituer l’énergie, de participer à la production des vitamines etc. C’est aussi lui qui nous protège des bactéries pathogènes. “Le microbiote varie d’un individu à un autre, détaille Julien Tap. Tout dépend de notre style de vie, de notre alimentation mais aussi de notre humeur par exemple.

La publication des trois “entérotypes” suscite des réactions de toutes parts. “J’ai reçu une centaine de mails de gens qui avaient des problèmes d’estomac, de diarrhée et qui se demandaient si on pouvait les aider, confie Peer Bork, co-auteur de l’étude et initiateur de MyMicrobes. C’était de longs messages”. Le chercheur a notamment rencontré des spécialistes de la médecine traditionnelle chinoise qui pensent que les trois “entérotypes” correspondent aux trois groupes de patients types dans les réactions aux herbes. “Ils sont convaincus que les deux sont liés, confirme Peer Bork. La preuve qu’il y a beaucoup de réflexion dans ces domaines”.

L’équipe de chercheurs décide donc de rebondir en capitalisant directement sur cet accueil hors normes. Pourquoi ne pas faire participer directement des internautes ?  Germe alors l’idée d’un réseau social. Elle est simple : pour les chercheurs, il s’agit de récolter un maximum de données en proposant à chaque participant de dresser la carte génétique de son microbiote. Pour les internautes, il s’agit de leur offrir la possibilité d’échanger et de partager. “Des gens du même entérotype par exemple pourraient se parler de leur régime alimentaire, comparer leurs styles de vie”, détaille Julien Tap. D’où l’idée de créer un projet de séquençage avec un site internet dédié : http://my.microbes.eu/.

Potentiel fonctionnel

Pour participer, il faut envoyer donc dans un premier temps un échantillon de selles à l’Institut national de la recherche agronomique (INRA), partie prenante dans le projet. Le laboratoire de l’INRA en extrait les molécules d’ADN. Le tout est envoyé au laboratoire de l’EMBL à Heidelberg qui réalise en 10 jours l’opération de séquençage.
Ensuite, tel un bilan sanguin, les chercheurs donnent leur classification dans l’un des trois “entérotypes” à l’internaute. Julien Tap : “On lui donne son potentiel fonctionnel d’une certaine manière. Mais il n’y pas de promesse de santé derrière. On dit juste au participant où il se situe”.
Arrivera ensuite la seconde phase avec la connexion au réseau social. Là, l’internaute pourra interagir avec ses proches voisins en microbiote... L’échange se fera à partir d’un questionnaire afin de fournir à chacun des paramètres pour aider les discussions :  le régime alimentaire, fumeur ou non fumeur, pays de résidence, etc. C’est aussi sur ce réseau social que des personnes malades pourront se rencontrer. “Des gens atteints de diabète ou de tumeurs, d’obésité, pourront se parler et mieux comprendre ce qui leur arrive”, confirme Julien Tap. Les chercheurs espèrent notamment que des questions nouvelles remonteront via le réseau social.

Il y a cependant une ombre au tableau : le coût. Pour faire partie de cette expérience originale, les participants devront tout de même débourser la somme de 1 500 euros. Pour l’instant, une centaine de personnes ont mis la main au porte monnaie. “Rien que le séquençage coûte 1 000 euros”, confirme Julien Tap. Or pour être viable, le projet doit atteindre la masse critique de 5 000 participants... “Pour nous, la diversité est un enjeu, confirme Julien Tap. Des médecins ou cliniciens nous contactent déjà car ils ont des malades et eux peuvent avancer des fonds. Par ailleurs, nous avons des collaborations avec d’autres laboratoires à travers le monde qui vont contribuer en nous amenant leurs propres cohortes (groupe de cobayes - NDLR)”. Les chercheurs se laissent deux à trois ans pour que le projet arrive à maturité.