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Nouvel épisode dans la course au décryptage des génomes

  • Posté le : Lundi 10 Janvier 2011
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  • par : L. Salters

Un consortium international emmené par le Cirad de Montpellier, et auquel a participé le Génoscope d'Evry (CEA), a réussi à séquencer les données génétiques du cacaoyer.

La culture du cacaoChaque année, on estime que 30% de la production mondiale de cacao est victime de l’attaque de champignons.
© Massimo Brega / LookatSciences

Les scientifiques du Cirad de Montpellier sont essouflés, mais heureux ! Au terme d’une course contre la montre avec des concurrents américains, ils sont finalement les premiers à avoir décrypté le génome du cacaoyer, l’arbre qui produit les graines de cacao. Jusqu’ici, peu d’arbres fruitiers exotiques ont vu leur génome analysé.
Ces travaux ont été publiés par la revue Nature Genetics fin décembre. Ils ont été coordonnés par les chercheurs du (Cirad) en collaboration avec le Génoscope d’Evry, deux laboratoires américains ainsi que deux chocolatiers (Valrhona et Hershey Corp).

Autant que la découverte scientifique, le véritable sprint auquel se sont livrés les chercheurs est à relever dans cette histoire. L’équipe concurrente à celle du Cirad était emmené par le groupe agroalimentaire Mars inc. (producteurs entre autre de célèbres barres chocolatées). Le groupe était lui aussi sur le point de publier l’état de ses recherches. Dans la dernière ligne droite, sentant que le Cirad était en avance, cette équipe a décidé de mettre en ligne ses résultats sans les faire vérifier par des pairs. Une démarche inhabituelle dans les milieux de la recherche. Incomplètes, les conclusions n’ont d’ailleurs pas été validées par la communauté scientifique.

Pourtant à l’origine, Claire Lanaud, chercheuse au Cirad à l’origine du consortium, était en contact avec les équipes de Mars Inc. pour lancer un séquençage. Le groupe américain finance en effet beaucoup de programmes sur le cacao. "Mais nous nous sommes rendus compte qu’ils s’étaient mis en marche tout seul. Du coup, nous avons lancé une initiative de notre côté, raconte la chercheuse. Il voulait sans doute rester leader. Mais au final, les deux équipes ont travaillé sur deux variétés différentes, les résultats sont donc complémentaires".
Depuis plusieurs années, les équipes se côtoyaient d’ailleurs au sein de colloques internationaux comme le Plant and Animal Genome Conference (dont la cession annuelle a lieu en ce moment même à San Diego, en Californie). En marge de ces grandes réunions, sont toujours organisées des séances de travail pour chaque organisme en cours de séquençage.

"Un jeu de poker menteur"

"Chacun était conscient de l’avancée du travail de l’autre, confie Jean-Marc Aury, chercheur au Génoscope d’Evry, qui a participé au décryptage. C’était un jeu de poker menteur : on dit où on en est, mais sans trop en révéler quand même. Si on publie en premier, c’est l’article qui fait référence. Et les revues exigent que l’on mette en ligne l’intégralité du génome. Alors autant que ce soit la recherche publique qui le fasse d’abord. De cette manière, les résultats des recherches restent dans le domaine public. Aujourd’hui, Mars Inc. peut avoir accès à nos informations, mais ils n’auront pas le monopole de l’utilisation de la séquence."

Il paraît loin le temps où les prestigieuses revues Science et Nature annonçaient de concert le décryptage du génome humain. C’était en 2001, l’opération avaient coûté des milliards de dollars. "Aujourd’hui, la technologie que nécessite les décryptages est de moins en moins chère, c’est pour ça qu’il y a de plus en plus de concurrence dans le domaine", analyse Jean-Marc Aury.
A titre d’exemple, le décryptage d’un génome humain coûte actuellement environ un million de dollars. "Et les coûts vont encore baisser, renchérit Jean-Marc Aury. Il y aura donc de plus en plus de génomes décryptés. Ca devient plus difficile de publier des génomes complets seuls". Et le chercheur va même plus loin dans l’anticipation : "D’ici à quelques années, il sera possible de se faire séquencer le génome pour 1 000 dollars. La qualité de ce décryptage de sera pas encore excellente, mais ce sera possible". Comme un goût de science-fiction.

Dans l’immédiat, les résultats obtenus par ce consortium sont importants. Ils vont permettre d’accélérer les connaissances sur le cacaoyer pour répondre à deux attentes des producteurs : la préservation des qualités aromatiques et une meilleure résistance aux maladies fongiques. Chaque année, un tiers de la récolte mondiale est ainsi détruite, poussant les producteurs à se tourner vers des espèces plus résistantes mais moins riches en arômes.